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一天后
NERV总部地表
飞行器缓缓降落，机门打开，在等待的碇源堂和冬月耕造两人踏上放下来的阶梯。
他们这次行动是要前往俄罗斯伯大尼NERV分部基地。
其实碇源堂和SELLE的意念早就不合，双方彼此之间都在维持在一个微妙平衡点。
SEELE组织的计划是“人类补完计划”。其目的是利用莉莉丝的力量，让人类摆脱肉体的束缚，升华成为一种新的存在形式，以另一种形态继续存在。
SEELE认为人类存在着许多无法改变的问题，如战争等，而通过该计划，所有人类的灵魂将融合为一个整体，不再有孤独、不安等情感，也不再有个体之间的隔阂，以此实现人类的进化。
但碇源堂却在SELLE的计划基础上另外做出自己的计划。
和SELLE想要完成的目标背道而驰。
碇源堂的计划目的是自己成神并复活碇唯。
碇源堂深爱着碇唯，碇唯在初号机试验中消失后，他为了达成自己的目的，主动向SEELE的基尔议长提议，全力执行人类补完计划。他的计划是打败一切使徒，引发第三次冲击，开启人类补完。在这个过程中，他试图通过特定的方式进入只有灵魂共存的世界，找到碇唯。然后使用朗基努斯枪等手段“弑神”，让自己和碇唯一起成为神，从而实现永远在一起以及或许能带着碇唯回到过去生活的愿望。
可碇源堂万万没想到，碇唯从始至终都没有想和他见面。
在《新世纪福音战士：终》里，碇源堂进入负宇宙的假想空间里寻找碇唯的身影，却找来找去都是绫波零的复制体身影。
这让他很是绝望，但最后在碇源堂直面自己的儿子碇真嗣后，才恍然大悟。
碇唯一直就在自己身边，留给他的正是儿子。
现在碇源堂要做的就是和冬月耕造在伯大尼基地里做好应对后面突发准备。
冬月耕造在伯大尼基地里的所有研发项目全部完善落实。
四把钥匙和其他复制使徒的量产都要一套完整工业流水线制造。
其中一把钥匙现在还放在NERV总部那里，以总部现在的防御线一点都没法应对后面到来的使徒。
这是碇源堂计划的一部分，一把钥匙被拿走后，后面还是自己上门拿的。
只不过以初号机作为动力源的希望号，还是先暂时分离，太容易被得到反而太容易被察觉。
毕竟加持还在，以加持老辣眼光不难发现这其中的猫腻。
NERV总部司令办公室
渚薰穿着司令服，坐在碇源堂平时坐的位置上。
加持则是站在落地窗面前，看着外面破败不堪的战场。
渚薰背靠在椅子，微笑道：“接下来我们要做的事情很多了。”
加持：“从哪一步开始？”
渚薰：“等封印下面中央教条区域的时候。不过很不幸，它来了。”
话音刚落，正式应上渚薰的话。
滴滴滴——嗡！！！
整个NERV总部警铃大响
黄哲田推门进来，对两人说：“使徒又来了，我们该前往地下中央教条区域，外面的联合国防御线根本抵挡不了！”
渚薰紧急起身道：“不好，我的mark.06机体还在外面！那我们赶紧走，加持你来坐镇指挥室，我和天启过去就行。”
初号机在昨天就被封印带走离开日本，碇源堂的离开就注定初号机不会就在日本。
NERV总部指挥室
美里下令众人把第十二使徒坐标显示出屏幕，却发现第十二使徒在总部的机库内，由蓝色图标变成橘色图标！
美里心中一惊，对日向等人说：“把中央教条区域的层层禁闭门全部封锁！给天启他们拖延时间！”
青叶茂双手止不住颤抖，冷汗直冒：“不行！下降速度太快了！来不及！”
加持出现在司令楼位置上，神情稳重对下面的众人安抚道：“不要乱了阵脚！按照葛城上校的指挥，把禁闭门全部关上，能关多少层就关多少层！”
加持内心还是感到诧异，这一切发生的太快了，根本没给他反应的时间。完全是刚好撞上一样。
碇源堂他们前脚刚带着被封印的初号机离开前往伯大尼基地，后脚就被新的使徒赶上了。
不对，事情的前后发生太怪了！
这未免算的太准了！
和黄哲田在赶往机库的路上，渚薰突然停住了脚步，眼神犀利道：“不对，我和mark.06机体切断联系了。”
黄哲田转过头对渚薰说：“你现在去往指挥室，六号机被夺取就让我下去阻拦。”
渚薰叹息道：“来不及了，它已经到地下的中央教条区域，现在做的只有疏散人群。总部在黑之月内不会被反At.立场核化波及到……”
NERV总部地下核心
中央教条区域
被第十二使徒附身的mark.06机体正用绝对领域把关闭上的紧闭门一扇一扇打开，慢慢降落到下面。
NERV总部能被第十二使徒这么快入侵且轻而易举的，还是因为总部探测设备被摧毁的差不多，再加上六号机被停留在NERV总部外面，正好被第十二使徒趁虚而入。
预留给六号机机库的位置其实是有的，但总部有限的维修和资源都用在战损的特号机和二号机的机体上。
再加上六号机是碇源堂要求渚薰留在外面，说是可以填补防御线。
渚薰也没有料到第十二使徒会这么快就过来，这是他想不到的。
其实也不怪渚薰，毕竟他怎么能和碇源堂这种老狐狸比呢？
黄哲田对渚薰说：“我先下去阻止，后面就看你们的。看能不能联系的上碇司令他们，不然新的第三次冲击又要重新开始！”
说完，黄哲田快速赶往中央教条区域的通道。
指挥室内
加持把消息传给了在飞行器上的碇源堂两人。
两人给出的回复是：“无论如何，都要拖延时间等分部的人过来。”
听到这话的加持，瞬间明白——NERV总部被抛弃了！
新的第三次冲击仪式又要开始！
青叶茂把地下的中央教条区域图标放出来，对大家汇报：“不行了！它已经到达下面的人核心区域，正在靠近……”
话还没有说完，整NERV个总部发生剧烈的上下震动！
大家很明显感觉到整个总部在上升，这种直观的感受让美里知道，第十二使徒已经接触到莉莉丝！
可NERV总部想要按下自爆程序引爆却没有办法，根本没有探测到第十二使徒的信息。
显示结果只有mark.06机体！
美里看向司令楼上方的加持，只见对方脸色阴沉，加持朝美里摇摇头。
加持对着下方的众人说出事情的真相，他要摊牌了。
“在场的所有人都听好了，接下来我说的事情你们要做好心理准备。”
指挥室内所有人员抬起头看向加持。
加持脸色少有的严肃和认真：“NERV的目的较为复杂，NERV表面上的任务是开发、研究EVA以及对使徒进行调查、研究，同时将之捕获、歼灭，以预防第三次浩劫。实质上，它是SEELE的执行机构，按SEELE的指示执行“人类补完计划”，通过歼灭所有使徒，完成人类补完。
NERV与SEELE皆被碇源堂完全架空，成为其实现个人野心的工具。碇源堂的目的可能是通过引发第三次冲击等方式，实现自己个人愿望！
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